地球上の資源は有限であり,化成品・プラスチック・医薬原料・食品原料のバイオ生産が産業界より広く望まれている。バイオリファイナリーは微生物発酵の力を活用して糖類から様々な化合物を生産する,有効なアプローチである。微生物発酵による物質生産は化学法と比べて温和かつ安価な方法で生産物を得ることができる。芳香族化合物は機能性食品原料やバイオプラスチック原料として用いることができる。本稿では芳香族化合物の微生物生産の例として,抗酸化性を有し樹脂原料となるプロトカテク酸の糖を原料とする生産,およびフェルラ酸を用いたプロトカテク酸への微生物変換について解説する。また薬品原料となるベンジルイソキノリンアルカロイドの微生物生産系について紹介する。