クリプトスポリジウム・ジアルジア等の消化管寄生性原虫は，消毒に抵抗性があり，水や食品の媒介による集団感染が問題となる。食品媒介による集団感染は，国内では牛肉の生食（ユッケ）と飲料を介した事例が報告されている。海外では複数の集団感染が報告されており，サラダやアップルジュース等が原因食材として報告されている。消化管寄生性原虫は環境中では増殖しないが，少数でも感染するのでわずかな汚染も問題となる。食品中の原虫検査は容易ではないが，対策としては加熱調理が容易で，非加熱の食品や，食品の取り扱いによる汚染に注意を要する。